FMD와 임상증상이 매우 흡사한 신종 돼지바이러스가 확인돼 전세계 양돈업계를 긴장케 하고 있다. 더구나 국내 유입 가능성도 완전히 배제할 수 없는 상황이어서 대책마련이 시급하다는 지적이다.
미국 미네소타 주립대학교는 최근 질병이 발생한 미국내 양돈장의 돼지 병변에서 세네카밸리(Seneca Vally) 바이러스를 분리했다고 밝혔다. 또한 세네카밸리 바이러스 감염현황을 조사해 본 결과 미국의 약 10개주 양돈장에서 발생하고 있으며 캐나다와 호주, 이탈리아, 뉴질랜드에서도 확인됐다고 덧붙였다.
브라질의 경우 그 피해가 특히 심한 것으로 전해졌다.
미네소타주립대학교에 따르면 세네카밸리 바이러스에 감염된 돼지는 발굽과 코, 입주변 점막에 수포가 발생할 뿐 만 아니라 고열과 함께 발굽의 상처와 괴사, 침울, 식욕부진을 동반하는 등 FMD와 구분이 힘든 임상증상을 보인다.
모돈에서도 발병하지만 7일령 이내 이유자돈에서 피해(폐사율 30~70%)가 클 뿐 만 아니라  3일령 이내 감염시엔 폐사율이 80%에 달하는 것으로 확인됐다.
다만 FMD와 비교해 전파력은 상대적으로 낮은 것으로 추정되고 있다. 그렇다고 해도 지금까지 전세계적으로 세네카바이러스에 대해 파악된 내용이 많지 않다보니 정확한 결론을 내리기 어려운 실정이다. 
도드람양돈농협 정현규 박사는 이와관련 “전파경로를 비롯해 지금까지 세네카바이러스에 대해 밝혀진 내용이 별로 없는 만큼 사실상 신종 바이러스라고 해도 과언이 아닐 것”이라며 “지난 1988년부터 2001년까지 미국에서 감염이 확인됐지만 당시에도 이 바이러스에 대한 연구는 거의 이뤄지지 않은 것으로 알고 있다”고 밝혔다.
그러다보니 국내 유입 가능성을 완전히 배제할 수 없다는 주장도 나오고 있다.
익명을 요구한 수의학계의 한 관계자는 “국내에 수입되는 대부분 종돈의 원산지가 세네카바이러스가 문제를 일으키고 있는 북미산”이라며 “하지만 전 세계적으로 알려지지 않은 바이러스라면 수출국 현지나 국내 검역 과정에서 체크가 이뤄졌겠느냐. 학자입장에서는 FMD가 완전히 종식되지 않은 국내 현실을 감안할 때 세네카바이러스 감염증을 FMD로 착각했을 가능성이 ‘제로’라고 단언하기도 쉽지 않을 것”이라는 견해를 밝히기도 했다.
따라서 세네카바이러스에 대한 정보 수집과 이를토대로 한 대응책 마련이 조속히 이뤄져야 한다는 목소리가 점차 높아지고 있다.